Как сообщают в республиканской больнице, Валерий Бубеев родился в селе Тангахай Курского сельского совета Эхирит-Булагатского района Усть-Ордынского Бурятского автономного округа. В 1965 году после окончания Иркутского государственного медицинского института работал хирургом в Тункинской центральной районной больнице.
В 1969 году после окончания клинической ординатуры на кафедре факультетской хирургии Иркутского медицинского института Валерий Борисович был назначен заместителем главного врача первой городской больницы Улан-Удэ. Три года спустя назначен заместителем главного врача республиканской больницы. Здесь по его инициативе были открыты отделения интенсивной терапии и реанимации, гастроэнтерологии, кардиологии, эндоскопии; созданы специализированные центры.
В 1978 году Валерий Борисович возглавил городскую больницу № 4, где при его участии впервые в республике были сформированы врачебно-инженерные бригады, получили развитие амбулаторно-поликлиническая сеть, цеховая служба, открыт республиканский проктологический центр.
В 1990 году Валерий Борисович был назначен главным врачом больницы скорой медицинской помощи гУлан-Удэ. За годы руководства и работы врачом-хирургом им было освоено множество методов диагностики и лечения, подготовлены десятки врачей-интернов, открыты отделения литотрипсии, почечного гемодиализа, компьютерной диагностики, детской реанимации, создана локальная компьютерная сеть, проведены строительные и реконструктивные работы.
В 1994 году Бубеева назначают первым заместителем министра здравоохранения Бурятия.
В 2002 году Валерию Борисовичу присвоена ученая степень доктора медицинских наук. За трудовую деятельность ему присвоено почетное звание «Заслуженный врач РСФСР». Награжден знаком «Отличник здравоохранения СССР», кавалер ордена Почета.
12 апреля 2004 года Валерий Бубеев ушел из жизни.
