Учёные СО РАН уже много лет изучают геномы и генетику вируса клещевого энцефалита

Не так давно они исследовали коллекцию вирусов, выделенных на территории Новосибирского научного центра: наряду с известными генетическими вариантами вируса был найден новый.

Существует три субтипа вируса клещевого энцефалита: восточный, европейский и сибирский, который широко представлен в нашем регионе. Недавно обнаруженный вариант (названный «Обским») соответствует последнему из них — правда, генетически «находка» отличается от уже известных вариантов вируса и близка к границе их разделения на субтипы.

— Разница между субтипами составляет 12 % по нуклеотидной последовательности, — рассказывает младший научный сотрудник ИХБФМ СО РАН кандидат биологических наук Сергей Евгеньевич Ткачев. — Оказалось, что новый штамм по своей генетической структуре близок к этой границе: он, конечно, сибирский субтип, но больше остальных похож и на другие типы. У него уникальная структура белков — точнее, некоторые варианты аминокислотных остатков в них не были описаны ранее, — что может влиять на биологические свойства данного варианта.

Ученые ИСиЭЖ СО РАН охарактеризовали новый вирус с точки зрения биологических свойств: по всей видимости, он является слабопатогенным — по крайней мере, для мышей штамм обладает низкой нейроинвазивностью (способностью проникать в мозг). Правда, патогенность для человека пока не известна.

Для каждого субтипа существуют прототипные штаммы — они были впервые описаны как соответствующий субтип, и на основе сравнения с ними можно понять, к какому типу относится изучаемый вирус. Кроме того считается, что различные субтипы вируса клещевого энцефалита отличаются по симптоматике заболевания: так, дальневосточный тяготеет к более тяжелой форме клещевого энцефалита, сибирский вызывает хроническую, а европейский является легко переносимым. Хотя на самом деле течение болезни определяют и особенности зараженного организма — например, иммунитет.

Оценка возраста вирусов данной группы показала, что они скорее всего относятся к наиболее древней линии среди сибирского субтипа. Обская линия была отделена от общего предка примерно 1,5 тыс. лет назад, что произошло даже раньше Балтийской — до этого она считалась самой старой.
— Чтобы узнать возраст новой линии, мы проанализировали полные геномы разных штаммов вируса клещевого энцефалита или их фрагменты, оценили скорость эволюции вируса и затем высчитали, в какой момент времени группа отделилась от предков, — добавляет Сергей Ткачев. — Пока на территории ННЦ мы обнаружили только один штамм данной линии. Также нашими коллегами из Москвы были найдены еще два вирусных изолята (выявленных фрагмента генома) в Кемерово, относящихся к Обской линии.

Так что паниковать из-за наличия нового варианта вируса рано — с учетом того, что у него вряд ли высокая патогенность. Однако полученные данные имеет смысл учитывать при создании тест-систем (уточняющих принадлежность вируса к определенному субтипу) или даже вакцин. С другой стороны, у ученых до сих пор нет однозначного вывода о том, является ли вакцина, созданная на основе дальневосточного или европейского штамма вируса клещевого энцефалита, в равной степени эффективной против сибирского субтипа, сообщает «Наука в Сибири».