Южный Байкал из-за долголетней работы БЦБК вызывает большую обеспокоенность у WWF. С южной стороны Байкала скопилось большей количество загрязненных вод, которые требуют очистки. Также озеру угрожает воздействие гидроэнергетики, из-за которой, по мнению фонда, падает уровень воды.
Река Ангара также может исчезнуть. Виной всему, по заявлению WWF, каскад ГЭС и высокий уровень отходов от промышленных предприятий. Под угрозой исчезновения рыбы, обитающие в Ангаре и уникальные сосняки.
Директор Лимнологического института СО РАН Андрей Федотов прокомментировал позицию WWF. Мнение учёного приводит «АиФ-Иркутск»:
«Те проблемы, которые перечислены в докладе: воздействие накопленных отходов БЦБК и гидроэнергетики - я бы не стал называть самыми страшными. Есть много других проблем, которые способны изменить экосистему озера. Например, разрастание нитчатых водорослей по прибрежным зонам, а также гибель байкальских губок, которые по сути можно называть природными очистными Байкала».
По словам Федотова, Байкал уже не раз переживал серьёзное обмеление. К примеру, в 80-х годах прошлого столетия, но тогда пониженный уровень озера серьёзно не повлиял на его экосистему.