Он работает в Государственном архиве Республики Бурятия с 2010 года. Шаповал впервые начал внедрение единого классификатора документной информации архивного фонда РФ: перевёл более 9000 карточек фотокаталога, занимался исполнением тематических запросов, подготовкой радиопередач, выставок.
Евгений Шаповал принимал активное участие в подготовке и издании календарей знаменательных и памятных дат истории Бурятии на 2012 и 2013 годы, буклета «Архивы Бурятии» и документального фильма, подготовленных к 90-летию архивной службы Бурятии.
Под его руководством впервые в архиве внедряется программно-информационный комплекс «КАИСА-Архив», позволяющий осуществлять перевод в электронный формат, имеющийся научно-справочный аппарат, обеспечивать поиск и идентификацию документов, хранящихся в архиве, а также формирование и ведение в электронном формате основных видов каталогов и картотек.
По его инициативе и активном содействии были приобретены два высокоскоростных оптических книжных сканера для оцифровки архивных документов, необходимое программное обеспечение, организовано обучение всех сотрудников архива с ПИК «КАИСА-Архив». Под его руководством начались и ведутся работы по созданию Баз данных архива: «Отвод земельных участков», «Награжденные», «Метрические книги» и «Контроль исполнения запросов».
В 2013 году Евгений Шаповал разработал техническое задание и полностью модернизировал сайт архива. Это позволило исследователям ознакомиться с составом и содержанием шосударственного архива через интернет с помощью ПИК «КАИСА-Архив», сообщает пресс-служба минкультуры Бурятии.